Els formats admesos dels documents electrònics són:
- PDF. Compatibles amb l'última versió de l'especificació.
- TELCON Per a documents comptables, d'acord amb les especificacions que estableix a aquest efecte la Instrucció d'Operatòria Comptable per a l'Administració General de l'Estat.
- TXT. Text pla per a documents sense format.
- HTML 4.01. Documents amb format.
- XML. Per a documents estructurats.
- DOC. Compatible amb la versió Microsoft Office 2003 (sense macros).
- ZIP. Format de compressió per a algun dels formats anteriors.
La notificació i els informes resultat de la fiscalització dels expedients per la intervenció delegada, regional, territorial o la Sotsdirecció General d'Intervenció i Fiscalització es posaran a disposició del centre gestor a través del sistema IRIS, en un dels formats esmentats anteriorment perquè aquest últim els pugui descarregar.
La signatura electrònica reconeguda d'aquells documents que la incorporin ha de ser conforme a l'especificació ETSI TS 101 903.