El sistema informàtic Fons 2000 va dirigit a la Direcció General de Fons Comunitaris que n'és la responsable funcional. A més a més, estan implicats en aquest sistema tots els organismes que participen en la gestió dels fons comunitaris d'una forma directa o indirecta, independentment de quines siguin les seves responsabilitats. Entre aquests hi ha els següents:
- Les unitats de la Direcció general de Fons Comunitaris (Ministeri d'Hisenda i Funció Pública) que intervenen en el procés (Unitat d'administració del FEDER, Unitat d'administració del Fons de Cohesió i Cooperació interterritorial europea, Unitat de certificació i Pagaments, etc.), com a autoritat de gestió i de certificació.
- La Unitat administradora del FSE (Ministeri d'Ocupació i Seguretat Social).
- Ministeris responsables d'operacions cofinançades per la Comissió Europea (Min. D'Agricultura, Alimentació i Medi Ambient, Min. de Foment, etc.), que hi intervenen com a òrgans executors i organismes intermedis.
- Altres administracions (comunitats autònomes, conselleries, ajuntaments, corporacions, etc.).
- Intervenció General de l'Administració de l'Estat (ONA) que hi intervé com a autoritat d'auditoria.
- Comissió Europea.