ATENEAren funtzionalitate nagusiak hauek dira:
- Aurrekontuen aldaketa-espedienteen fluxua kudeatzea, sortzen denetik (zentro kudeatzaileak, aurrekontuen bulegoak edo Aurrekontuetarako Zuzendaritza Nagusiak ere), onartu, prestatu eta espedientean interesa duten alderdiei komunikatu arte.
- Espedientearekin zerikusia duten dokumentu ofizialak sortzea (aurrekontuen bulegoaren txostena, onarpen-proposamena, espedienteen zerrenda, lanbideena, eta abar)
- Espedienteetako sinadura eta baliozkotze elektronikorako euskarria (DocelWebekin bat), espedientea onartzeko eskumena departamentuko ministroaren nagusiei dagokienean.
- Dagozkien kontabilitate-dokumentuen helarazte automatikoa SIC3 sistemara (IRIS plataformaren bidez) TELCON formatuan.
- Kontabilitate-dokumentuen partikularizazioa.
- Espedienteak izapidetzean erabiltzaileek interesa duten gertaeren jakinarazpen eta oharrak.
- Zenbait txosten-mota eta deskarga eskuratzeko aukera.