Haren arduradun funtzionala den Europako Batasuneko Funtsen Zuzendaritza Nagusira bideratuta dago Fondos 2000 sistema informatikoa. Sistema horretan inplikatuta daude, halaber, EBko funtsen kudeaketan zuzenean edo zeharka parte hartzen duten erakunde guztiak, edozein delarik ere haien ardura. Hauek dira, besteak beste, erakunde horiek:
- Prozesuan parte hartzen duten Europar Batasuneko Funtsen Zuzendaritza Nagusiaren (Ogasun Ministerioaren eta Funtzio Publikoaren) unitateak (Eskualde Garapeneko Europako Funtsaren administrazio-unitatea, Europako Lurralde arteko Kohesio eta Lankidetza Funtsaren administrazio-unitatea, ziurtapen- eta ordainketa-unitatea, eta abar), kudeaketa- eta ziurtapen-autoritate gisa.
- EGFaren unitate administratzailea (Lan eta Gizarte Segurantzako Ministerioa).
- Europako Batzordeak kofinantzatutako eragiketen arduradunak diren eta organo gauzatzaile eta bitarteko erakunde gisara jarduten duten ministerioak (Nekazaritza, Elikadura eta Ingurumen Ministerioa, Sustapen Ministerioa eta abar).
- Beste administrazio batzuk (autonomia-erkidegoak, kontseilaritzak, udalak, korporazioak, eta abar).
- Estatuko Administrazioaren Kontu-hartzailetza Nagusia (ABN), auditoria-agintaritza gisara parte hartzen duena.
- Europako Batzordea.