Fondos 2007 sistema informatikoa Europako Batasuneko Funtsen Zuzendaritza Nagusiari zuzenduta dago, eta bera da sistemaren arduradun funtzionala. Zuzendaritza Nagusiaz gain, funts horien kudeaketan, zuzenean edo zeharka, parte hartzen duten beste erakunde guztiak ere sartuta daude, haien ardura edozein dela ere. Besteak beste, hauek daude:
- Prozesuan parte hartzen duten Europar Batasuneko Funtsen Zuzendaritza Nagusiaren (Ogasun Ministerioaren eta Funtzio Publikoaren) unitateak (Eskualde Garapeneko Europako Funtsaren administrazio-unitatea, Europako Lurralde arteko Kohesio eta Lankidetza Funtsaren administrazio-unitatea, ziurtapen- eta ordainketa-unitatea, eta abar), kudeaketa- eta ziurtapen-autoritate gisa.
- Europako Gizarte Funtsen administrazio-unitatea (Nekazaritza, Elikadura eta Ingurumen Ministerioa, Sustapen Ministerioa eta abar).
- Europako Batzordeak kofinantzatutako eragiketen ardura duten eta organo betetzaile eta bitarteko erakunde gisa esku hartzen duten Ministerioak.
- Beste administrazio batzuk (autonomia-erkidegoak, kontseilaritzak, udalak, korporazioak eta abar).
- Estatuko Administrazioaren Kontu-hartzailetza Nagusiak (ONA) eta eskualdeetako Kontu-hartzailetzek ikuskaritza-agintari gisa jarduten dute.
- Europako Batzordea.